Michael Bouffier studierte Kunstgeschichte, Klassische Archäologie und Chemie in Zürich und München. Seinem Interesse für Quellenschriften der Kunsttechnologie und der Architekturtheorie folgend arbeitete er parallel zum Studium als Projektassistent an der Implementierung der Datenbank Architekturkontexte des Kunsthistorischen Instituts der Universität Zürich, als Hilfsassistent am Institut für Denkmalpflege und Bauforschung der ETH Zürich und als Praktikant bei ArtDiscovery in London. Nach dem Studium war er mehrere Jahre als Kunsthistoriker der Galerie Gmurzynska in Zürich und als wissenschaftliche Hilfskraft am Zentralinstitut für Kunstgeschichte in München tätig. Während eines Jahres als Studienstipendiat bzw. später wissenschaftliche Hilfskraft am DFK in Paris entwickelte er die Idee seiner Doktorarbeit zu französischer Skulptur.

Von April bis Juni 2023 forschte er am DKF Paris mittels eines Stipendiums des Hauses.